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沉井穿过含水层，应尽量采取排水法挖土下沉。这种方式劳动条件好，挖土正确，轻易把持和纠偏，土层中如有障碍物易被发明和消除，沉井沉到设计标高后，能直接检讨地基土壤，还可进行干封底。刃脚内侧的倾斜角度为45℃～60℃。一般踏面外形的稳固性好，但只实用于疏松而无障碍物的底层。刃脚上面的凹槽是在沉井封底后浇筑底板时，底板能和井壁紧密衔接，有利防水，有利于将封底地面反力更好地传递给井壁。一般凹槽高于1.0m，深度为150～300mm。当沉井降落到设计标高后，沉井地面用混凝土封底，以防地下水渗透井内。当沉井仅作为穿过地表含水层在不透水层中构筑隧道出入口时，可不用封底，但须封住地下水下渗的途径。
这一阶段应严格控制挖土的程序和深度，注意要均匀挖土，对于结构体大的井体，根据需要，必须安排多个作业面，同时对称均匀挖土。沉井下沉至设计标高时，应进行沉降观测，满足设计要求后方可封底。经检验合格后，应及时封底。渗水量上升速度≤6mm／min时，可用浇筑普通混凝土方法封底，否则宜采用水下混凝土封底。对松软土质，可先挖沉井中部土层(每层约深40～50cm)，沿沉井刃脚周围保留土堤，使沉井挤土下沉；对中等密实的土，如刃脚土堤挖出后仍很少下沉，可再从中部向刃脚分层均匀削薄土堤，使沉井平稳下沉。
采用泥浆润滑套法即在井壁周围空隙中充填触变性较大的泥浆(膨润土20％、火碱5％、水75％)或黄泥浆，使其形成一个具有润滑作用的泥浆套，可以大大减少作用在井壁上摩阻力，并加强管理，防止泥浆流失。在井壁的保护下，用机械和人工在井内挖土，使其在自重作用下沉入土中的一种地下构筑物，它具有结构刚性好、施工简便、、节约投资以及加快施工进度等优点，在基础工程中得到了广泛的应用。沉井高的一侧加重或者用高压射水冲松土层。必要时可以在沉井顶面施加水平力扶正。纠正沉井中位位置发生偏移的方法是先使沉井倾斜，然后均匀除土，使沉井底中心线下沉至设计中心线后，再进行纠偏。
